In 1942 begon de Duitse marine met het testen van de FI 282. De FI 282 bleek prima te besturen bij goed en slecht weer, met stabiele vliegeigenschappen onder alle omstandigheden en tegelijkertijd behoorlijk manoeuvreerbaar. Verschillende tests hadden te maken met ruwe omstandigheden op zee, waaronder landen onder zware omstandigheden, waardoor de Kolibri zichzelf als een capabele en betrouwbare machine bewees. 
In 1942 waren er in totaal twintig prototypen in de testfase. Op basis van het succes van de prototypes werden plannen om 1000 helikopters te produceren goedgekeurd, deze werden echter nooit in zulke aantallen gebouwd als gevolg van de geallieerde bombardementen op de fabrieken van Flettner en BMW. 
Tegen 1943 werden vierentwintig Fl 282's gebouwd, waarvan er twintig door de Kriegsmarine werden gebruikt voor konvooibescherming in de Middellandse Zee en de Egeïsche zee. Helaas is er in die tijd weinig bekend over de operationele inzet van de machine. Het is ook bekend dat Luft-Transportstaffel 40 de beschikking had over ten minste drie Fl 282s (en ook drie Focke Achgelis Fa 223s), gebaseerd op Ainring in april 1945. Het was mogelijk een van de Fl 282's van deze eenheid die gauleiter Hanke uit de belegerde stad Breslau vloog net voor de verovering van die stad. 
Slechts drie FI 282's werden ontdekt door de geallieerden in een bruikbare staat aan het einde van de oorlog. Alle anderen waren verloren in dienst of vernietigd of gedemonteerd. Van deze drie machines werden Fl 282 V15 en V23 naar de VS gebracht, waarbij een derde FI 282 V16 door de USSR werd geclaimd. Voorbeelden waarvan bekend is dat ze bewaard zijn gebleven, zijn de Fl 282 (c / n 28368) aan het Cranfield Institute of Technology, en de Fl 282 V23 in het US Air Force Museum, Dayton, Ohio. Degene die door de USSR werd veroverd, wordt in Moskou tentoongesteld in het Aviation Institute (National Research University).